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サンプルの取り違えを防ぐため、DNA鑑定センターは完全にデジタル化されたサンプル管理システムを構築している。各遺骨サンプルには受け入れ時に固有の識別コードが付与され、サンプルの状態を記録した画像やすべての技術的パラメーターとともに管理される。
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このシステムにより、サンプルの受け入れから、骨の粉砕、DNA抽出、シークエンシング、鑑定結果の返却に至るまで、サンプル処理の全プロセスを追跡することが可能となる。
骨のサンプルを溶解した後は、溶解液を遠心分離し、自動DNA抽出装置にかけてDNAを抽出・回収する。
ライブラリが構築され、専用の試薬キットで目的のDNAが濃縮されたサンプルが、シークエンシングシステムに送られる。この技術は、分解された短いDNA断片のシークエンシングを可能にすると同時に、ヒトゲノム全体の数千もの遺伝的マーカーを分析することで、遠縁の親族との血縁関係を確認できる可能性を高める。
VASTが遺骨サンプルの鑑定を担当する一方、公安省は親族のサンプルを鑑定し、データベースに登録する役割を担っている。
遺骨と親族の双方の鑑定結果が出た後、公安省が照合を行い、その結果を専門機関に返送する。専門機関は最終報告書を作成し、地方自治体がこれを基に烈士の遺族へ結果を通知する仕組みとなっている。
「500日間集中プロジェクト」に伴い、全国各地で烈士の遺骨捜索作業が進められている。これまでに数多くの遺骨や遺品が新たに発見され、身元が判明した遺骨は遺族のもとへ返還されている。
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