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1865年末までに、ピエール氏は植物園の面積を20haに拡張し、もともとあった自然の熱帯林に残る「タキアン(ベトナム語名：サオ＝sao、学名：Hopea odorata)」、「アピトン(ベトナム語名：ザウ＝dau、学名：Dipterocarpus alatus)」、「メンガ(ベトナム語名：ゴードー＝go do、学名：Afzelia xylocarpa)」、ビルマカリンなどのさまざまな樹木を保護した。
ピエール氏はさらに、インド、オーストラリア、アフリカ、日本、インドネシアなどの各地から多種多様な樹木を持ち込んだ。この中には、産業用樹木、日陰樹、果樹なども含まれていた。ピエール氏は、10万点を超える標本と、多数の樹齢100年以上の古木という遺産を残した。
サイゴン動植物園植物部門長のグエン・ティ・ベー・バーさん(女性)によると、現在も園内では120年から160年の樹齢を持つ貴重なドライマホガニーの木6本を保存しているという。
中でも樹木番号「1700」のドライマホガニーは、ベトナムで最も大きく、最も古い木とされている。サイゴン動植物園の開園と同じ1864年にアフリカから初めて持ち込まれ、移植された「1700」は、樹齢160年以上、高さ62m、樹冠幅27mで、幹周は12.5mにも達し、「ベトナム遺産樹」に認定されている。
この木を起点にドライマホガニーの群生が広がっていき、東南部地方ドンナイ省のカットティエン国立公園など、近隣の自然林にも広がった。外来種ではあるが、在来種の生態系への影響はほとんどない。
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